Vào ngày 16 tháng 7 năm 1988, một điểm kỳ dị đã phá hủy phần lớn thành phố Tokyo. Đến năm 2019, Tokyo đã được xây dựng lại. Hiện được biết đến là Neo-Tokyo, nó bị ảnh hưởng bởi bóng ma tham nhũng, các cuộc biểu tình chống chính phủ, khủng bố, và xung đột giữa các băng nhóm và đang trên bờ vực sụp đổ. Trong một cuộc xung đột quy mô lớn, Kaneda Shōtarō với bản tính hung hăng đã lãnh đạo băng nhóm bōsōzoku[4] nổi loạn chống lại băng nhóm Clown đối thủ. Người bạn thân nhất của Kaneda là Shima Tetsuo đã vô tình đâm xe máy vào Takashi, một siêu năng lực gia (người có khả năng ngoại cảm) đã trốn thoát khỏi phòng thí nghiệm của chính phủ với sự hỗ trợ của một tổ chức kháng chiến. Vụ tai nạn đã đánh thức siêu năng lực của Tetsuo, thu hút sự chú ý của một dự án bí mật của chính phủ do Đại tá của Lực lượng Phòng vệ Nhật Bản Shikishima chỉ đạo. Được siêu năng lực gia Masaru trợ giúp, Shikishima đã bắt lại Takashi, đưa Tetsuo đi cùng và bắt bớ cả Kaneda cùng với băng nhóm của cậu.

Shikishima và trưởng nhóm nghiên cứu của ông, Tiến sĩ Ōnishi, phát hiện ra rằng Tetsuo sở hữu năng lực tâm linh mạnh mẽ tương tự như Akira, siêu năng lực gia được cho là đã hủy diệt cả Tokyo. Siêu năng lực gia đồng nghiệp của Takashi là Kiyoko đã báo trước cho Shikishima biết về sự hủy diệt sắp xảy ra ở Neo-Tokyo. Tuy nhiên, quốc hội của Neo-Tokyo bác bỏ những lo ngại của Shikishima, buộc ông phải cân nhắc việc giết Tetsuo để ngăn chặn một đại thảm họa khác.

Trong khi đó, Tetsuo trốn thoát khỏi bệnh viện, đánh cắp chiếc xe máy của Kaneda, và đã lên kế hoạch chạy trốn khỏi Neo-Tokyo với bạn gái của anh, Kaori. Băng nhóm Clown phục kích họ, nhưng sau một trận đòn dữ dội, họ được băng nhóm của Kaneda giải cứu. Tuy nhiên, trong lúc nói chuyện với Kaneda, Tetsuo bỗng dưng bị đau đầu dữ dội và nhìn thấy những ảo giác kì lạ. Sau khi bất tỉnh, cậu được đưa trở lại bệnh viện. Kaneda gia nhập chi bộ kháng chiến của Kei sau khi nghe lén được kế hoạch giải cứu Tetsuo và các siêu năng lực gia khác của họ.

Tại bệnh viện, các siêu năng lực gia đối đầu với Tetsuo, cậu đã chống trả quyết liệt bằng sức mạnh tâm linh của mình và bỏ trốn. Sức mạnh tâm linh này bắt đầu khiến cậu trở nên cao ngạo và mất ổn định. Kaneda, Kei, và nhóm kháng chiến đột nhập vào bệnh viện và bị cuốn vào cuộc chiến ngăn chặn Tetsuo của Shikishima và các siêu năng lực gia. Cậu đã đánh bại tất cả bọn họ với sức mạnh tâm linh vượt trội và bỏ trốn khỏi bệnh viện sau khi ép Kiyoko tiết lộ là cậu có thể nhận được sự trợ giúp từ Akira, người đang được đông xác ở bên dưới công trường xây dựng Sân vận động Olympic.

Kei và Kaneda thoát khỏi sự giam giữ của quân đội nhờ sự giúp đỡ của Kiyoko. Shikishima tiến hành một cuộc đảo chính chống lại chính phủ Neo-Tokyo và chỉ đạo tất cả các lực lượng quân đội tiêu diệt Tetsuo. Tetsuo quay trở lại nơi từng là hang ổ của băng đảng, quán bar Harukiya, để lấy thuốc phiện nhằm có thể điều khiển được sức mạnh của mình. Cậu tàn sát cả nhân viên pha chế của quán và phá hủy quán bar. Khi những người bạn cũ của cậu là Yamagata và Kai đến và đối đầu với cậu, cậu giết Yamagata một cách tàn nhẫn trước mặt Kai; Kaneda được Kai kể lại những gì đã xảy ra và thề sẽ trả thù cho người bạn mình. Tetsuo hoành hành khắp Neo-Tokyo, đến kho lưu trữ đông lạnh của Akira bên dưới sân vận động. Kiyoko đã liên kết tâm linh với Kei để chiến đấu với Tetsuo, nhưng cậu đánh bại cô một cách dễ dàng và khai quật di hài của Akira. Kaneda đã sử dụng súng trường laser để chiến đấu với Tetsuo trong một trận đấu tay đôi, và Shikishima đã sử dụng vũ khí không gian để bắn vào cậu, nhưng cả hai đều không thể ngăn cản được.

Shikishima và Kaori đến gần sân vận động và bắt gặp Tetsuo đang đau đớn tột cùng; Shikishima đề nghị đưa Tetsuo trở lại bệnh viện, chữa lành vết thương và giúp kiểm soát năng lực của cậu, trong khi Kaori cố gắng kiềm chế Tetsuo. Tuy nhiên, Kaneda chạy tới nơi và một lần nữa lại đấu tay đôi với Tetsuo. Tetsuo không thể kiểm soát được sức mạnh của mình và biến thành một khối thịt khổng lồ, hấp thụ toàn bộ vật chất, nuốt chửng Kaneda và tiêu diệt Kaori. Các siêu năng lực gia buộc phải thức tỉnh Akira để ngăn chặn nó. Sau khi đoàn tụ với những người bạn của mình, Akira tạo ra một điểm kỳ dị khác kéo Tetsuo và Kaneda vào một không gian khác. Các siêu năng lực gia dịch chuyển Shikishima đến nơi an toàn khi điểm kỳ dị phá hủy Neo-Tokyo không khác gì đại thảm họa trước đó xảy ra ở Tokyo. Họ cũng đồng ý giải cứu Kaneda dù biết trước hậu quả là họ sẽ không thể nào quay trở lại chiều không gian này.

Tại điểm kỳ dị, Kaneda được trải nghiệm thời thơ ấu của Tetsuo và các siêu năng lực gia, kể cả ký ức Tetsuo ngày xưa thường dựa dẫm vào Kaneda, và cách những đứa trẻ siêu năng lực gia được đào tạo và biến đổi trước khi Tokyo bị hủy diệt. Các siêu năng lực gia đưa Kaneda trở về thế giới, báo cho anh biết là Akira sẽ đưa Tetsuo đến nơi an toàn kèm theo một thông tin là Kei đang phát triển siêu năng lực.

Điểm kỳ dị biến mất, và nước lũ nhấn chìm cả thành phố. Ōnishi bị phòng thí nghiệm đổ ập xuống người và chết không lâu sau đó. Kaneda phát hiện ra rằng Kei và Kai vẫn sống sót và họ lái xe rời khỏi đống đổ nát, trong khi Shikishima ngắm bình minh. Còn Tetsuo thì đã trở thành một dạng tồn tại không xác định vào cuối bộ phim.